Die Markgrafenburg hatte eine Vorläuferin. Auf der "Schanze" und der Holzwiese in Thunau befand sich im 9. und 10. Jh. n. Chr. eine mächtige Befestigungsanlage der Slawen. Um 900 wird ein getaufter slawischer Adeliger mit Namen Joseph genannt (wohl der Burgherr), der dem Bistum Freising im Bereich von Stiefern Grund und Boden schenkt. Ihm ist wohl auch die Kirche zuzuschreiben, deren Fundament im Bereich der slawischen Befestigung freigelegt wurde. 1041 eroberte Leopold, der Sohn des Markgrafen Adalbert, die slawische Wallburg. Von den Magyaren auf ihrem Zug zur Schlacht auf dem Lechfeld 955 zerstört. Die Babenberger erbauten nun auf dem Schloßberg eine Steinburg, das "Feste Haus", und umgaben es mit einer Ringmauer. In dieserBurg residierte von 1075 - 1095 Marktgraf Leopold II., der dann in der Burgkapelle im Südturm Pankratiuskapelle) aufgebahrt wurde. Leopold III. der Heilige, soll in Gars geboren worden sein. 1114 - 1367 war die Burg Gars als Lehen im Besitz der Burggrafen von Gars (Zweig der Kuenringer). In dieser Zeit wurde der romanische Südturm mit Haupttor und Burgkapelle weiter ausgebaut. Es entstand die zweite Ringmauer mit zwei Türmen und dem mächtigen, achteckigen Berchfrit im Norden, der damals noch keine Tore im Untergeschoss aufwies. Auch die Gertrudskirche wurde in dieser Zeit errichtet.
1368 - 1429 war die Burg im Besitz der Maissauer, in der Folge kamen die Neydegger, Lambert von 1548 - 1608 waren die Teufel die Burgherrn, welche das große Renaissanceschloss sowie die Toranlage mit Zugbrücke erbauten. Ab 1622 befand sich die Burg im Privatbesitz verschiedener Geschlechter, um 1800 wurde sie aufgrund der Dachsteuer abgedeckt und verfiel. Der letzte Adelige Besitzer Fürst Groy verkaufte sie 1966 dem Großindustriellen Bogner, von dem 1996 die Marktgemeinde das Areal erwarb.